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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
Data corrente: |
09/01/2023 |
Data da última atualização: |
09/01/2023 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
SILVA, L. de F.; ALKIMIM, E. R.; BARREIRO, P. R. R. M.; LEICHTWEIS, B. G.; SILVA, A. C. A.; SILVA, R. A. da; SOUSA, T. V.; NASCIMENTO, M.; CAIXETA, E. T. |
Afiliação: |
LETÍCIA DE FARIA SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; EMILLY RUAS ALKIMIM, UNIVERSIDADE FEDERAL TRIÂNGULO MINEIRO; PEDRO RICARDO ROSSI MARQUES BARREIRO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; BRUNO GRESPAN LEICHTWEIS, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; ANA CAROLINA ANDRADE SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; RUANE ALICE DA SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; TIAGO VIEIRA SOUSA, INSTITUTO FEDERAL DO TRIÂNGULO MINEIRO; MOYSÉS NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa. |
Título: |
Genome-wide association study of plant architecture and diseases resistance in Coffea canephora. |
Ano de publicação: |
2022 |
Fonte/Imprenta: |
Euphytica, v. 218, jun. 2022. |
Páginas: |
13 p. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Genome wide association studies (GWAS) have been traditionally used for the identification and comprehension of loci associate with phenotypic variation and identification of markers useful in genetic breeding programs. The GWAS was used in this work to identify chromosomal regions with significant associations with the main agronomic trait of Coffea canephora. The studied population comprised 165 clones of the two varietal groups Conilon and Robusta and intervarietal hybrids from crosses between these groups. Coffee trees were genotyped using 17 885 single nucleotide polymorphisms (SNP) markers distributed throughout the genome and phenotyped with eight morpho agronomic traits. Significant SNPs were found associated with plant height, diameter of the canopy projection, vegetative vigor, rust incidence, and cercosporiosis incidence. SNP marker distribution was quite uniform, with few gaps in the centromeric regions, with 27.72% and 9.09% present in intergenic and coding regions, respectively; the latter led to 70% amino acid exchanges and 30% silent mutations. Candidate genes, in which SNP markers were inserted, were identified and their function was related to traits of plant architecture and coffee diseases resistance. SNPs with significant associations were found in all chromosomes of the species, especially in chromosomes 0, 2, 6, 9, and 11. This methodology was efficient in C. canephora populations and helped identify several SNPs in candidate genes involved in important biological processes of coffee. Therefore, these SNPs can be used as strategies to accelerate the coffee breeding program through molecular marker assisted selection. MenosGenome wide association studies (GWAS) have been traditionally used for the identification and comprehension of loci associate with phenotypic variation and identification of markers useful in genetic breeding programs. The GWAS was used in this work to identify chromosomal regions with significant associations with the main agronomic trait of Coffea canephora. The studied population comprised 165 clones of the two varietal groups Conilon and Robusta and intervarietal hybrids from crosses between these groups. Coffee trees were genotyped using 17 885 single nucleotide polymorphisms (SNP) markers distributed throughout the genome and phenotyped with eight morpho agronomic traits. Significant SNPs were found associated with plant height, diameter of the canopy projection, vegetative vigor, rust incidence, and cercosporiosis incidence. SNP marker distribution was quite uniform, with few gaps in the centromeric regions, with 27.72% and 9.09% present in intergenic and coding regions, respectively; the latter led to 70% amino acid exchanges and 30% silent mutations. Candidate genes, in which SNP markers were inserted, were identified and their function was related to traits of plant architecture and coffee diseases resistance. SNPs with significant associations were found in all chromosomes of the species, especially in chromosomes 0, 2, 6, 9, and 11. This methodology was efficient in C. canephora populations and helped identify several SNPs in candidate genes involved in importan... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Coffea Canephora. |
Thesaurus Nal: |
Disease resistance; Phenotypic variation; Plant breeding. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Registros recuperados : 20 | |
1. | | SOUSA, T. V. de; FRANCO, L. J. D.; SILVA, K. J. D. e; ROCHA, M. de M.; HASHIMOTO, J. M. Composição bromatológica e de elementos minerais em grãos de linhagens elites de feijão-mungo. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA MEIO-NORTE, 8., 2022, Teresina. Anais... Teresina: Embrapa Meio-Norte, 2023. p. 36. (Embrapa Meio-Norte. Documentos, 291).Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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2. | | ALKIMIM, E. R.; SOUSA, T. V.; SILVA, F. L. da; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, L.; CAIXETA, E. T. Identificação e validação de marcadores SNP em Coffea canephora usando sequenciamento de nova geração. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Maringá, PR: SBMP, 2017. p. 552Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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4. | | CAIXETA, E. T.; RESENDE, M. D. V. de; ALKIMIM, E. R.; SOUSA, T. V.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ALVES, R. S. Aceleração do melhoramento do cafeeiro via seleção genômica: agilidade e eficácia no lançamento de novas cultivares. Brasília, DF: Embrapa Café, 2022. 54 p. PDF. (Embrapa Café. Documentos, 17). Projeto SI04 - Genotipagem e seleção genômica em populações de melhoramento de Coffea arabica.Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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5. | | ALKIMIM, E. R.; CAIXETA, E. T.; SOUSA, T. V.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. L. da; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, L. Selective efficiency of genome-wide selection in Coffea canephora breeding. Tree Genetics & Genomes, v. 16, n. 3, p. 1-11, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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6. | | SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Caracterização molecular de cultivares de café resistentes à ferrugem. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 8., 2013, Salvador. Sustentabilidade e inclusão Social. Brasília, DF: Embrapa Café, 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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7. | | CORDEIRO, M. H. M.; BRUCKNER, C. H.; ROSADO, R. D. S.; SANTOS, C. E. M. dos; CAIXETA, E. T.; SOUSA, T. V.; CRUZ, C. D. Contribution of male genitors in open-pollination progenies of sour passion fruit. Euphytica, v. 216, n. 9, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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8. | | SETOTAW, T. A.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; SOUSA, T. V.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; SAKYAMA, N. S. Genome introgression of Híbrido de Timor and its potential to develop high cup quality C. arabica cultivars. Journal of Agricultural Science, v. 12, n. 4, p. 64-76, 2020.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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9. | | CRUZ, A. F.; SIVA, L. F.; SOUSA, T. V.; NICOLI, A.; PAULA JUNIOR, T. J. de; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, L. Molecular diversity in Fusarium oxysporum isolates from common bean fields in Brazil. European Journal of Plant Pathology, v. 152, n. 2, p. 343-354, 2018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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10. | | SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Molecular markers useful to discriminate Coffea arabica cultivars with high genetic similarity. Euphytica, v. 213, n. 3, March, 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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11. | | MEDEIROS, A. C.; CAIXETA, E. T.; OLIVEIRA, A. C. B. de; SOUSA, T. V.; STOCK, V. de M.; CRUZ, C. D.; ZAMBOLIM, L.; PEREIRA, A. P. Combining ability and molecular marker approach identified genetic resources to improve agronomic performance in coffea arabica breeding. Frontiers in Sustainable Food Systems, v. 5, 705278, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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12. | | SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, L.; RESENDE, M. D. V. de. Early Selection Enabled by the Implementation of Genomic Selection in Coffea arabica Breeding. Frontiers in Plant Science, v. 9, January 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Florestas. |
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13. | | ALKIMIM, E. R.; CAIXETA, E. T.; SOUSA, T. V.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Marker-assisted selection provides arabica coffee with genes from other Coffea species targeting on multiple resistance to rust and coffee berry disease. Molecular Breeding, v. 37, n. 6, p. 1-10, jan. 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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14. | | SOUSA, T. V.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, L.; CAIXETA, E. T. Estrutura de populações e diversidade genética de Coffea arabica analisadas por marcadores moleculares SNP. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Maringá, PR: SBMP, 2017. p. 533Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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15. | | SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; SAKIYAMA, N. S.; RESENDE JÚNIOR, M. F. R. de; ZAMBOLIM, L. Population structure and genetic diversity of coffee progenies derived from Catuaí and Híbrido de Timor revealed by genome-wide SNP marker. Tree Genetics & Genomes, v. 13, n. 6, Dec. 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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16. | | RESENDE, M. D. V. de; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; SOUSA, T. V.; PEREIRA, A. A.; ALVES, R. S.; AZEVEDO, C. F. Tamanho amostral e detecção de genes via GWAS em características quantitativas do cafeeiro. Brasília, DF: Embrapa Café, 2022. 23 p. (Embrapa Café. Circular técnica, 7).Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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17. | | ALKIMIM, E. R.; CAIXETA, E. T.; SOUSA, T. V.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. Seleção assistida por marcadores moleculares para resistência à ferrugem do cafeeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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18. | | GUEDES, M. C.; RODRIGUES, E. G.; AUCA, E. C.; TORRES, D. del C.; WADT, L. H. de O.; GOMES, J. K. da S.; NEVES, E. de S.; SOUSA, T. V. A. de. Alternativas de baixo custo para produção de mudas. In: WADT, L. H. de O.; MAROCCOLO, J. F.; GUEDES, M. C.; SILVA, K. E. da (ed.). Castanha-da-amazônia: estudos sobre a espécie e sua cadeia de valor. Brasília, DF: Embrapa, 2023. v. 4, cap. 3, p. 65-87. ODS 2, ODS 3, ODS 8, ODS 11, ODS 12, ODS 13, ODS 17.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Amapá; Embrapa Rondônia. |
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19. | | SILVA, L. de F.; ALKIMIM, E. R.; BARREIRO, P. R. R. M.; LEICHTWEIS, B. G.; SILVA, A. C. A.; SILVA, R. A. da; SOUSA, T. V.; NASCIMENTO, M.; CAIXETA, E. T. Genome-wide association study of plant architecture and diseases resistance in Coffea canephora. Euphytica, v. 218, jun. 2022. 13 p.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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20. | | ALKIMIM, E. R.; CAIXETA, E. T.; SOUSA, T. V.; GOIS, I. B.; SILVA, F. L. da; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, L.; ALVES, R. S.; RESENDE, M. D. V. de. Designing the best breeding strategy for Coffea canephora: Genetic evaluation of pure and hybrid individuals aiming to select for productivity and disease resistance traits. Plos One, v. 16, n. 12, e0260997, 2021.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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